Modellen sonar-deep-research kører et udvidet flertrinnet forskningsforløb, der kan tage adskillige minutter pr. forespørgsel. API-klienter med standard 60-sekunders HTTP-timeout modtager en socket-lukningsfejl, inden forskningen er færdig. Dette er modelspecifikt — sonar og sonar-pro fungerer fint, fordi de er hurtigere. Perplexity MCP-serverdokumentation angiver specifikt dette som et kendt problem med anbefalede timeouts på 600.000 ms (10 minutter) for forskningsmodellen.